Wenn Sie in eine steuererhebende Religionsgemeinschaft eintreten oder wiedereintreten, müssen Sie nach den Kirchensteuergesetzen der Länder Kirchensteuer zahlen, und zwar als Zuschlag zur Einkommen- beziehungsweise Lohnsteuer (Lohnkirchensteuer). Der Arbeitgeber muss deshalb bei jeder Lohnzahlung nicht nur die Lohnsteuer, sondern regelmäßig auch die Kirchensteuer vom Arbeitslohn des Arbeitnehmers einbehalten und an das Finanzamt abführen. Das entsprechende Verfahren zum Abzug der Lohnkirchensteuer erfolgt weitgehend automatisiert. Sie müssen daher nach erklärtem Eintritt in der Regel nichts weiter tun, um Ihren Kirchensteuerpflichten nachzukommen.

Wie und bei welcher Stelle der Kircheneintritt zu erklären ist, regeln die Religionsgemeinschaften selber. Die Kirchenzugehörigkeit wird bei den Meldebehörden der Länder erfasst und kann nur durch diese geändert werden. Die Finanzbehörden haben darauf keinen Einfluss. Dies ist zum Beispiel von Bedeutung, wenn bei den Behörden fehlerhafte Daten vorliegen. 

Die Meldebehörden teilen dem Bundeszentralamt für Steuern (BZSt) Änderungen der Kirchenzugehörigkeit und das entsprechende Datum mit. Das BZSt speichert die elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale (ELStAM) in einer Datenbank. Zu den gespeicherten Daten gehören auch Merkmale für den Kirchensteuerabzug.

Das BZSt stellt die ELStAM dem Arbeitgeber zum unentgeltlichen automatisierten Abruf bereit. Für die Einbehaltung der Kirchensteuer im Steuerabzugsverfahren durch den Arbeitgeber sind die ELStAM maßgeblich, das heißt, der Arbeitgeber ist hieran gebunden und braucht die Frage der Kirchensteuerpflicht nicht zu prüfen.